Finalizada la Guerra del Chaco (1932-1935) se inició la proyección de la construcción de la Basílica para Caacupé. Para ello se recurrió al arquitecto y urbanista Miguel Ángel Alfaro Decoud. En 1939 contaba con los planos aprobados por el Ministerio de Obras Públicas y Comunicación, por el Cabildo Eclesiástico y por una comisión conformada para el efecto.
Los planos en principio, pertenecían a una estructura similar a la Basílica de San Pedro, ubicada en Vaticano.
La primera piedra para la construcción del Santuario de la Virgen de Caacupé fue colocada el 15 de abril de 1945 por Mons. Juan Sinforiano Bogarín, el primer Arzobispo de Asunción, que en ese entonces, Caacupé dependía de la capital.
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En 1960 por la Bula Aeque ac Sanctus Petrus, y elevada a Diócesis por Decreto Consistorial en 1966, Caacupé se divide de Asunción y en la ciudad es nombrado el Primer Obispo, el monseñor Ismael Rolón.
La obra se paraliza durante décadas para definir el cambio de orientación. Los arquitectos Silvio Feliciángeli, Edilio Morales y Rodrigo Castillo en 1975 reiniciaron esta obra con un proyecto «más sencillo y funcional».
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Durante la visita del Papa Francisco fue elevada oficialmente su jerarquía a Basílica Menor, aunque 400 años antes los paraguayos ya la denominaban así.
«Basílica Menor» es el título de jerarquía que se utiliza para diferenciar de las Basílicas Mayores del mundo como las de San Pedro, San Juan de Letrán, San Pablo de Extramuros y Santa María la Mayor.
